Prodi D3 Farmasi berdiri pada tanggal 19 Juni 2013 berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 232/E/O/2013 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Farmasi (D3) Pada Politeknik Provinsi Bengkulu. Seiring dengan perubahan regulasi dimana UU Nomor 23 Tahun 2014 mensyaratkan kewenangan Pemerintah Provinsi hanya mengelola urusan pendidikan menengah (SMA dan SMK) dan pendidikan khusus sedangkan pendidikan tinggi menjadi kewenangan pemerintah pusat maka berdasarkan Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi No. 535/KPT/I/2016 Tanggal 28 Desember 2016 Tentang Penyatuan Program Studi Pada Politeknik Kesehatan Provinsi Bengkulu ke Universitas Bengkulu. Maka Prodi D3 Farmasi menjadi bagian dari Universitas Bengkulu yang kemudian oleh Rektor Universitas Bengkulu dikeluarkanlah SK No. 461/UN30/HK/2017 tanggal 1 Maret 2017 tentang pengelolaan program studi Diploma Tiga ilmu kesehatan UNIB yang dikelola oleh Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.
Setelah proses alih bina dari Poltekkes Provinsi Bengkulu ke UNIB dibawah FMIPA, Program Studi D3 Farmasi mulai menerima mahasiswa angkatan pertama pada Semester Ganjil Tahun Akademik 2018. Program Studi D3 Farmasi telah melakukan akreditasi dan mendapatkan akreditasi B berdasarkan Keputusan LAM PTKES No. 0471/LAM-PTKes/Akr/Dip/VII/2018 yang berlaku hingga 7 Juli 2023.
Pada tanggal 13-15 April 2023 bertepatan dengan bulan Romadhan, Prodi D3 Farmasi mengadakan rekareditasi kembali dengan asesor dari Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM PTKes) yaitu: Dr. apt. Novi Yantih, M.Si. dari Universitas Pancasila dan Prof. Dr. Sudjarwo., MS., Apt. dari Universitas Airlangga. dari hasil audit eksternal atau reakreditasi ini Prodi D3 Farmasi Universitas Bengkulu kembali mendapatkan predikat akreditasi Baik Sekali, sesuai dengan Keputusan LAM-PTKes No. 0349/LAM-PTKes/Akr/Dip/V/2023 yang berlaku selama 5 tahun dari tahun 2023 sampai dengan 2028. Dengan hasil ini Podi D3 Farmasi menunjukkan bahwa institusi ini mampu menjadi penyelenggara Pendidikan Vokasi Farmasi yang kompeten.
Prodi D3 Farmasi terus berkembang dari sisi SDM jumlah tenaga pengajar terus bertambah dengan kualifikasi S2 dan akan terus ditingkatkan lagi kulitasnya dengan studi lanjut S3. sampai saat in tahun 2024 Ada 3 orang dosen D3 Farmasi yang sedang studi lanjut S3 ke universitas terbaik di dalam negeri, jumlah ini akan terus ditingkatkan.
